《本草纲目》以其继往开来的卓越成就迅即为医药学界赞赏推崇，金陵初刊后不到7年，就在江西刊刻了第二版。《本草纲目》52卷共收载药物1892种，绘制药物图1109幅，附方11096首。所收药物以其天然来源及属性为纲，分为16部；在同一部下，则以相近之类别为目，更分为60个类目，条分缕析，一目了然。他的药物分类法在前人基础上作出了创造性贡献，有着相当高的科学价值。例如其所收的1094种植物药，是根据其根、茎、叶、花、果的特点，及其性味、形态、生长环境、习性与人类生活的关系等因素，加以综合分析、归纳比较进行区分的。