深圳先进院吸收国际先进新型科研机构的管理方案和科研体系，采取理事会下的院长负责制，建立了以市场需求为导向的组织架构，充分激发了机构活力，形成了开放包容、敢想敢干的创新文化。该院根据国家和深圳发展的不同需求，在高端医疗器械、脑科学、合成生物学、生物医药、机器人、新能源与新材料、大数据与智慧城市等科研领域充分布局，还根据实际情况突出学科间的交叉，强化了集成创新与协同创新的科研机制。不但为原始创新策源、关键技术突破、高水平人才培育、科技成果高效转化的聚变反应提供了内核动力，还探索了全过程创新生态链的新科研范式，为国内蓬勃发展中的新型科研机构提供“深圳经验”和“深圳模式”。