在建设欧洲研究区的过程中，每一次做重要决策前，欧盟都会广泛征求各利益相关方的意见。因此，影响欧洲研究区决策的机构分别来自于欧盟、成员国和地区、各利益相关组织，既包括欧盟相关机构、成员国及其地方政府的相关管理部门，又包括多个高级专家组、咨询机构、论坛组织及与研究有关的利益相关组织。在欧洲研究区建设过程中，可通过开放式协调机制及加强伙伴关系协调各行业主体之间的利益，在竞争与合作中求得平衡，逐渐推进欧洲研究区的建设进程。在欧洲研究区建设过程中，欧盟、成员国政府和企业等行为主体推出了很多开创性的治理工具，包括基金类工具、合作平台类工具、信息服务类工具和监督工具等，这些工具在欧洲研究区建设中起到了重要的推动作用。